在Flash中设置背景透明的方法是使用以下步骤：

1. 在舞台上选择背景层。

2. 右键点击背景层，并选择“属性”选项。

3. 在属性面板中，找到“颜色”选项。

4. 点击“颜色”选项旁边的下拉箭头，选择“透明”选项。

5. 单击“确定”按钮以应用更改。

这样，背景层的颜色将被设置为透明，从而使背景变为透明。