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BLAST中blastx和tblastx的区别有哪些

扬州沐宇科技
2023-08-03 15:42:35
BLAST, blastx, tblastx

BLAST中blastx和tblastx是两种不同的搜索算法,主要区别如下:

  1. 输入序列类型:blastx用于比对蛋白质序列到蛋白质数据库,而tblastx用于比对核酸序列到蛋白质数据库。

  2. 查询序列的翻译:blastx将输入的核酸序列进行六种可能的翻译(三种正向翻译和三种反向翻译),得到六个翻译的蛋白质序列,然后与蛋白质数据库进行比对。而tblastx将输入的核酸序列进行三种正向翻译和三种反向翻译,得到六个翻译的核酸序列,然后与蛋白质数据库进行比对。

  3. 数据库搜索:blastx将翻译后的蛋白质序列与蛋白质数据库比对,而tblastx将翻译后的核酸序列与蛋白质数据库比对。

  4. 比对结果的解读:blastx给出的比对结果是蛋白质序列的相似度和相似区域的位置,而tblastx给出的比对结果是核酸序列的相似度和相似区域的位置。

总的来说,blastx适用于将蛋白质序列与蛋白质数据库比对,而tblastx适用于将核酸序列与蛋白质数据库比对,两者在输入序列类型和比对结果解读上有所不同。

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