在Vue项目中使用clearTimeout的最佳实践是在组件销毁时清除定时器。具体做法如下：

1. 在data中定义一个变量来存储定时器的ID，例如timerId。
2. 在需要设置定时器的地方使用setTimeout函数，并将返回的定时器ID赋值给timerId变量。
3. 在beforeDestroy生命周期钩子中，使用clearTimeout(timerId)来清除定时器。

示例代码如下：

export default {
  data() {
    return {
      timerId: null
    }
  },
  mounted() {
    this.startTimer()
  },
  methods: {
    startTimer() {
      this.timerId = setTimeout(() => {
        // 执行定时任务
      }, 1000)
    }
  },
  beforeDestroy() {
    clearTimeout(this.timerId)
  }
}

通过以上做法，可以确保在组件销毁时清除定时器，避免内存泄漏和不必要的性能开销。