在Java中，可以使用LinkedHashSet来去除JSONArray中的重复元素。具体步骤如下：

1. 将JSONArray转换为List对象。
2. 将List对象转换为LinkedHashSet对象，这样LinkedHashSet会自动去除重复元素。
3. 将去重后的LinkedHashSet对象转换为JSONArray对象。

下面是一个示例代码：

import org.json.JSONArray;
import org.json.JSONObject;

import java.util.ArrayList;
import java.util.LinkedHashSet;
import java.util.List;

public class Main {
    public static void main(String[] args) {
        JSONArray jsonArray = new JSONArray("[1, 2, 3, 2, 4, 3, 5]");

        List<Integer> list = new ArrayList<>();
        for (int i = 0; i < jsonArray.length(); i++) {
            list.add(jsonArray.getInt(i));
        }

        LinkedHashSet<Integer> set = new LinkedHashSet<>(list);

        JSONArray uniqueJsonArray = new JSONArray();
        for (Integer num : set) {
            uniqueJsonArray.put(num);
        }

        System.out.println(uniqueJsonArray.toString());
    }
}

以上代码将输出去重后的JSONArray：[1, 2, 3, 4, 5]。